预测蛋白质乙酰化位点是理解翻译后修饰（PTMs）调控机制的关键步骤之一，尤其在表观遗传、肿瘤代谢、信号通路调控等研究中具有广泛应用。由于实验验证乙酰化位点过程繁琐且耗时，研究者越来越依赖于生物信息学工具进行快速预测与筛选。然而，当前乙酰化预测工具众多，功能与适用场景各异，如何选择最适合自身研究需求的预测平台成为了科研人员关注的核心问题。

一、预测蛋白质乙酰化位点的原因

蛋白质乙酰化是一种关键的翻译后修饰（PTM），调控着转录因子活性、染色质结构、细胞周期乃至代谢通路。实验验证乙酰化位点通常成本高、周期长，因此高精度生信预测工具成为蛋白功能研究和靶点筛选的关键辅助手段。

二、预测蛋白质乙酰化位点工具推荐

1、GPS-PAIL（Group-based Prediction System for Protein Acetylation）

（1）工具简介

基于position-specific scoring matrix + group-based scoring策略构建的预测平台。

（2）主要特点

① 支持多种酶特异性预测，如P300、CBP、GCN5等乙酰转移酶

② 支持批量提交，界面简洁

③ 提供可信度评分与筛选阈值

（3）适用场景

适合需要区分酶特异性的PTM研究场景，尤其在哺乳动物模型中表现优秀。

2、ASEB（Acetylation Set Enrichment Based predictor）

（1）工具简介

结合Motif富集分析与酶-底物网络信息，构建富集模型。

（2）主要特点

① 整合KEGG信号通路与酶作用网络，提高生物学解释力

② 可作为功能预测补充工具

③ 适合大规模注释分析

（3）适用场景

适合用于系统性分析乙酰化与功能通路关联的课题。

3、PLMLA（Protein Lysine Modification prediction based on Multilayer Attention）

（1）工具简介

2023年新兴算法，基于Transformer的多层注意力机制，具备端到端学习能力。

（2）主要特点

① 深度学习建模，准确率高于传统方法

② 支持大规模蛋白质组数据输入

③ 可整合结构信息与序列信息

（3）适用场景

适合处理蛋白质组学原始数据进行位点注释和功能预测。

4、DeepAcet

（1）工具简介

基于卷积神经网络（CNN）与全连接网络，自动从蛋白序列中提取特征。

（2）主要特点

① 泛化能力强，可适用于多种物种

② 无需人工Motif编码，适合非专家用户

③ 开源，适合本地部署与算法改进

（3）适用场景

适合具有一定计算资源的实验室使用，追求预测性能最优。

5、PredMod-Kac

（1）工具简介

依托于PONDR/PredictProtein平台，聚焦于结构驱动的乙酰化预测。

（2）主要特点

① 针对无序区域预测能力强

② 整合蛋白结构与功能区域注释

③ 适合探索结构-功能修饰关系

（3）适用场景

适用于研究IDRs与翻译后修饰之间互作的科研课题。

三、预测蛋白质乙酰化位点工具选择建议

蛋白质乙酰化位点的预测工具日益智能化，但模型结果始终需要实验数据加以验证与补充。建议将预测结果与LC-MS/MS实验、抗体富集策略结合，提升研究的准确性和可信度。

在蛋白质组学研究中，预测蛋白质乙酰化位点是理解翻译后修饰（PTMs）调控机制的关键步骤之一，数据的精准注释与修饰位点预测密不可分。百泰派克生物科技拥有一整套从质谱检测（如DDA/DIA）到乙酰化修饰富集、数据库比对、预测分析与富集通路解读的一站式服务平台。结合GPS-PAIL和PLMLA等主流工具，我们可帮助科研客户快速定位关键乙酰化位点；分析修饰调控网络。如您在乙酰化组学研究中有任何数据分析需求，欢迎咨询百泰派克生物科技，我们将为您提供高通量、高准确度的整体解决方案。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

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